Университет имеет в своем составе:

• Факультет агротехнологий, почвоведения и экологии
• Факультет плодоовощеводства и перерабатывающих технологий
• Факультет зооинженерии и биотехнологий
• Факультет технических систем, сервиса и энергетики
• Факультет управления и развития сельских территорий
• Факультет экономики и организации в АПК
• Факультет землеустройства и сельскохозяйственного строительства
• Юридический факультет
• Колледж (на правах факультета непрерывного профессионального образования)
• Калининградский филиал
• Обособленное структурное подразделение дополнительного профессионального образования специалистов ФГБОУ ВПО СПбГАУ «Академия менеджмента  и агробизнеса»

Язык образования:

Образование осуществляется на русском языке.

История:

История федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет» начинается с 1904 года, с открытия 8 сентября 1904 года первых в России высших женских сельскохозяйственных курсов, получивших название Стебутовских, по имени их основателя – выдающегося ученого-агронома, профессора И.А. Стебута. В 1917 году курсы реорганизованы в Стебутовский институт сельского хозяйства и лесоводства.

В 1906 году группой агрономов и преподавателей Петербургских вузов были организованы высшие сельскохозяйственные курсы на Каменноостровском проспекте. Эти курсы также в 1917 году становятся высшим учебным заведением – Каменноостровским сельскохозяйственным институтом.

В 1908 году были организованы Вечерние агрономические курсы, которые вошли в состав учебных заведений Санкт-Петербургского Общества народных университетов (основанного в 1906 году) и функционировали сначала в качестве одного из отделений Вечерних политехнических курсов, а потом в качестве отдельного учебного заведения с автономным педагогическим советом во главе.

24 марта 1918 года агрономические курсы вышли из состава Общества народных университетов. А в апреле 1918 года Курсам передаются в Царском Селе: б. Федоровский городок, казармы царской охраны, ферма, земли, оранжереи, питомники и жилые здания под общежития.

22 октября 1918 года Вечерние агрономические курсы из вышесреднего учебного заведения становятся высшим учебным заведением - Петроградский агрономический институт, с отделением в Царском Селе.

Существование трех однотипных институтов было явно нецелесообразно. Поэтому, распоряжением Главного управления профессионального образования (Главпрофобр) Наркомпросса СССР от 23.06.1922 года (протокол № 83), на базе трех сельскохозяйственных вузов был создан Петроградский (с 1924 года - Ленинградский) сельскохозяйственный институт. Учебную и производственную базу института решено было создать в Детском Селе.

С 1927 года основная учебная и научная работа нового института стала развиваться в городе Детское Село (теперь г. Пушкин), где был создан целый ряд опытных станций, которыми руководили крупнейшие ученые.

К 1930 году Институт превратился в один из крупнейших вузов страны, состоял в то время из трех факультетов: растениеводства, животноводства, сельскохозяйственной экономики и политики. С 1930 года при институте начал свою работу факультет заочного обучения по тем же специальностям, что и на очном отделении.

Однако, в связи с началом реконструкции сельского хозяйства и возросшей потребностью в специалистах этой отрасли народного хозяйства в стране - было признано целесообразным разделить Ленинградский сельскохозяйственный институт на ряд отраслевых вузов. И в мае 1930 года ЛСХИ был реорганизован в ряд институтов:

• Ленинградский институт прядильных культур (ЛИПК);
• Молочно-огородный институт;
• Институт механизации и электрификации сельского хозяйства (ЛИМЭСХ);
• Ленинградский агропедагогический институт (ЛАПИ);
• Пушкинский сельскохозяйственный институт;
• Ленинградский зоотехнический институт (в г. Гатчине).

В 1931 году из Молочно-огородного института выделились два самостоятельных вуза:

• Институт инженеров молочной промышлености (в г. Пушкине функционировал как отдельный вуз по 1941 год, а затем вошел в состав Ленинградского института холодильной промышленности как факультет);
• Ленинградский плодоовощной институт (находился сначала в г. Павловске, а затем в г. Петергофе).

Кроме того, на базе Высших курсов зоологии и фитопатологии был организован Ленинградский институт борьбы с вредителями в сельском и лесном хозяйстве (ЛИНБОВ).

Такое раздробление крупного института на целый ряд мелких вузов значительно осложнило и ослабило дальнейшую работу по подготовке специалистов для сельского хозяйства. Многие из указанных вузов просуществовали недолго, и с 1934 года снова началось постепенное их объединение. В 1934 году объединились три вуза:

• Ленинградский институт борьбы с вредителями в сельском и лесном хозяйстве (ЛИНБОВ),
• Ленинградский институт прядильных культур (ЛИПК),
• Ленинградский агропедагогический институт (ЛАПИ) и образовался Ленинградский сельскохозяйственный институт (ЛСХИ) в ведение Народного Комиссариата Земледелия СССР. В 1941 году в него влился Ленинградский плодоовощной институт.

В начале Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. Ленинградский сельскохозяйственный институт был эвакуирован в г. Пермь. После возвращения из эвакуации в 1945 году, институт сразу возобновил свою работу.

К этому времени в составе ЛСХИ были три факультета: агрономический, плодоовощной и защиты растений. В Пушкинском сельскохозяйственном институте также было три факультета: зоотехнический, агрономический, защиты растений. Институт механизации сельского хозяйства состоял из двух факультетов: механизации сельского хозяйства, электрификации сельского хозяйства.

На основании указа Президиума Верховного Совета СССР от 10.04.1946 и приказами по Министерству высшего образования СССР и по Министерству технических культур от 26.05.1946 № 151/110, Ленинградский сельскохозяйственный институт был передан Министерству высшего образования СССР.

На основании Распоряжения Совета Министров СССР от 23.08.1948 № 1/964-р, приказом Министра высшего образования СССР от 06.09.1948 № 1296, Ленинградский и Пушкинский сельскохозяйственные институты были объединены. Объединенный институт стал иметь пять факультетов: агрономический, зоотехнический, плодоовощной, защиты растений и экономический.

На основании приказа Министерства высшего образования СССР от 21.08.1954 № 799 в состав Ленинградского сельскохозяйственного института вошел Ленинградский институт механизации сельского хозяйства на правах инженерного факультета. Таким образом, в институте прибавился еще один факультет - инженерный с двумя отделениями: механизации и электрификации сельского хозяйства.

На основании постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 06.06.1956 № 774, приказами Министерства Высшего образования СССР от 19.06.1956 № 517 и Министерства сельского хозяйства СССР от 22.06.1956 № 240, Ленинградский сельскохозяйственный институт был передан Министерству сельского хозяйства СССР.

Поскольку, в ЛСХИ всегда было много заочников, то в г. Полесске Калининградской области был открыт учебно-консультационный центр для заочников. В 1961 году на базе этого центра был открыт Калининградский филиал заочного образования ЛСХИ.

Еще один филиал был открыт в 1969 году в г. Новгороде, он функционировал до 1985 года, а затем был реорганизован в Новгородский сельскохозяйственный институт. Сейчас он является частью Новгородского государственного университета им. Ярослава Мудрого.

Также в институте действовали постоянные курсы повышения квалификации руководящих кадров колхозов и совхозов, инженеров, зоотехников и агрономов.

В 1961 году по инициативе комсомола в институте организован факультет общественных профессий, где студенты могли овладеть второй - общественной профессией, например: журналиста, фотокорреспондента, аккомпаниатора, экскурсовода, организатора культурно-просветительской работы.

На основании приказа Министерства сельского хозяйства СССР от 04.05.1970 № 116 «Об организации подготовительного отделения при сельскохозяйственных вузах» в ЛСХИ в 1971 году было создано подготовительное отделение.

Наряду с учебной работой, ЛСХИ проводил многогранную научно-исследовательскую работу. Научные исследования, проводимые учеными института, имели большое научно-производственное значение.

За успешную подготовку кадров специалистов для сельского хозяйства в восьмой пятилетке, развитие научной работы и внедрение ее достижений в производство, а также за связь с производством Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26.01.1971 года Ленинградский сельскохозяйственный институт был награжден орденом Трудового Красного Знамени.

В качестве базы для учебно-производственной и научной работы в институте имелись:

• учебно-опытное хозяйство «Пушкинское» со своим опытным полем, опытным садом и опытной фермой для организации первоначальных экспериментальных исследований. Приказом № 116 от 15.04.2003 учебно-опытное хозяйство реорганизовано в форме присоединения к СПбГАУ в качестве структурного подразделения;
• учебно-производственные мастерские (с 1964 года - экспериментально-производственные мастерские). ЭПМ помогали в учебном процессе кафедрам, производили практическое обучение студентов инженерного факультета. При ЭПМ в качестве отдельного цеха имелась типография. С 01.11.1998 года ЭПМ с типографией преобразованы в форме присоединения к СПбГАУ приказом от 13.08.1998 года № 138, и введены в состав СПбГАУ в виде учебно-экспериментальных мастерских (УЭМ) для обслуживания учебного процесса, НИР и внедренческой деятельности вуза;
• учебно-производственная машино-счетная станция (УПМСС), которая занималась производственной работой по обслуживанию совхозов механизированным учетом, а также являлась базой для производственного обучения студентов вуза практике механизированного учета. Ввиду морального и физического старения технических средств, решено было ликвидировать УПМСС приказом от 26.06.1989 года № 179.

В 1990-е годы Санкт-Петербургскому государственному аграрному университету, как, впрочем, и остальным вузам страны, выпало пережить один из самых сложных периодов своего существования. Однако, вопреки многочисленным трудностям коллектив университета смог откликнуться на новые требования времени и внести коррективы как в структурную организацию университета, так и в сам процесс обучения студентов.

Приказом Государственной комиссии Совета Министров СССР по продовольствию и закупкам от 11.09.1991 года № 5-к Ленинградский ордена Трудового Красного Знамени сельскохозяйственный институт преобразован в Ленинградский государственный аграрный университет.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 24.07.1992 года № 1367-р и приказом Министерства сельского хозяйства Российской федерации от 14.08.1992 года № 402 Ленинградский государственный аграрный университет переименован в Санкт-Петербургский государственный аграрный университет.

Приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 21.02.1997 года № 59 университет переименован в Государственное образовательное учреждение Санкт-Петербургский государственный аграрный университет.

Учитывая нужды сельского хозяйства страны, в этот период в университете открыт ряд новых факультетов. В декабре 1998 года из состава инженерного факультета было выделено новое подразделение - факультет сельскохозяйственного строительства. В августе 2000 года открылся факультет безопасности жизнедеятельности. В 2000 году был восстановлен как самостоятельное подразделение факультет землеустройства. В 2001 и 2003 годы были сформированы гуманитарно-педагогический и юридический факультеты.

В 2002 году приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 18.02.2002 года № 627 университет переименован в Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет».

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 23.05.2011 года № 132 университет переименован в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет».

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 27.06.2011 № 202 к ФГБОУ ВПО СПбГАУ присоединена ФГОУ Академия менеджмента и агробизнеса Нечерноземной зоны Российской Федерации с образованием на ее основе обособленного структурного подразделения.